शेख मोहम्मद पर पिछली शादी से अपनी दो बेटियों का अपहरण करने का आरोप है। पहला अपहरण अगस्त 2000 में हुआ था, जब 19 वर्षीय राजकुमारी शमसा को इंग्लैंड के कैम्ब्रिज की एक गली से हथियारबंद लोगों ने छीन लिया था। शम्सा शेख की संपत्ति चोबहम, सरे के पास से भाग गई थी। वह सार्वजनिक रूप से नहीं देखी गई है।
दूसरा अपहरण फरवरी 2018 में राजकुमारी लतीफा का था। लतीफा, अपने फिनिश दोस्त, टीना जौहिसेन के साथ, मस्कट, ओमान के माध्यम से भाग निकली, एक नौका पर सवार होकर भारत के लिए रवाना हुई। लेकिन जौहिसेन के अनुसार, तट गोवा से 30 मील दूर, भारतीय तट रक्षक अधिकारी नौका में सवार हुए और लतीफा को गिरफ्तार कर लिया। नौका को संयुक्त अरब अमीरात की सेनाओं ने अपने कब्जे में ले लिया और जौहिसेन और चालक दल के साथ दुबई ले जाया गया। बाद में जौहिसेन को छोड़ दिया गया।
दिसंबर 2018 में, लतीफा को मानवाधिकारों के लिए संयुक्त राष्ट्र के पूर्व उच्चायुक्त के साथ दुबई में फोटो खिंचवाया गया था; उसके परिवार का कहना है कि वह मानसिक रूप से अस्थिर है। राजकुमारी हया और जौहिसेन द्वारा किए गए अपहरण और गवाही से पहले लतीफा ने एक वीडियो शूट किया था।
एक घिनौना सौदा:
कहा जाता है कि लतीफा को पकड़ने में भारत ने जो मदद दी थी, उसकी कीमत मिल गई जब दुबई ने क्रिश्चियन जेम्स माइकल को प्रत्यर्पित किया, जो यूपीए के दौर के अगस्ता वेस्टलैंड हेलिकॉप्टर मामले के एक आरोपी थे। भारत सरकार ने कभी इस बात को स्वीकारा नहीं।